Samochód zaprojektowano w europejskim studiu designu Toyoty ED2 mieszczącym się na południu Francji. Mierzące niespełna 3 m autko jest o 42,5 cm krótsze od modelu Aygo, ale ma porównywalną do Yarisa szerokość (168 cm) i wysokość (148 cm). Udało się dzięki temu wygospodarować w środku dość dużo miejsca.

W iO przewidziano miejsce dla trzech dorosłych pasażerów i dziecka, przy czym czwarty fotel można umieścić w bagażniku. Standardowo kierowca i osoba podróżująca z przodu siedzą obok siebie, ale przedni fotel pasażera można przesuwać w dużym zakresie, dzięki czemu powstaje miejsce z tyłu.

Szybkościomierz, obrotomierz i wyświetlacz stanu paliwa umieszczono w jednym zegarze. Sterowanie radiem i nawigacją odbywa się z wykorzystaniem przycisków na kierownicy, podczas gdy informacje dotyczące trasy pokazują się na półprzezroczystym ekranie znajdującym się powyżej panelu centralnego.