Natomiast od 1 grudnia 2008 r. zaczęło obowiązywać nowe rozporządzenie wykonawcze do ustawy o VAT, w którym zwolnienie od VAT odnoszące się do aportu nie zostało utrzymane. W konsekwencji do aportu mają zastosowanie przepisy znowelizowanej ustawy o VAT, a konkretnie art. 6 pkt 1 tej ustawy (względnie art. 43 ust. 1 pkt 2 i ust. 2).

Jeżeli więc wnoszone aportem składniki stanowią zorganizowaną część przedsiębiorstwa, rozumianą zgodnie z art. 2 pkt 27e ustawy o VAT - czyli są organizacyjnie i finansowo wyodrębnionym w istniejącym przedsiębiorstwie zespołem składników materialnych i niematerialnych w tym zobowiązaniami przeznaczonym do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania, to w takich okolicznościach czynność ich aportu nie podlega VAT. Oznacza to, iż aport takich towarów jest dla VAT neutralny, a czynności tej nie należy wykazywać w deklaracji VAT.

W odniesieniu natomiast do art. 43 ustawy o VAT, który może mieć zastosowanie wówczas, gdy w danym przypadku nie mamy do czynienia ze zorganizowaną częścią przedsiębiorstwa, należy pamiętać, iż na podstawie tego przepisu od VAT zwolniona jest dostawa towarów używanych. Jednakże warunkiem koniecznym do skorzystania z tego zwolnienia jest to, aby przy nabyciu tych towarów nie przysługiwało podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego. Nie należy zapominać, iż nawet jeśli podatnik miał prawo do odliczenia, ale z jakichś powodów z niego nie skorzystał - to ze zwolnienia od VAT skorzystać nie może, niezależnie od tego, czy wnoszone aportem składniki majątku posiadają cechy towarów używanych.

Gdyby natomiast było tak, że przy nabyciu tych składników podatnikowi nie przysługiwało prawo do odliczenia VAT i jeżeli posiadają one cechy towarów używanych (w rozumieniu art. 43 ust. 2 ustawy o VAT) - wówczas ich aport jest zwolniony od VAT, co należałoby odpowiednio wykazać w deklaracji VAT-7 składanej za bieżący okres rozliczeniowy. Jak więc widać, sposób rozliczania VAT w tym przypadku w dużej mierze zależy od kwalifikacji wnoszonych aportem towarów.