Do priorytetowych zadań kontroli skarbowej w 2009 r. będą należały przede wszystkim:

* kontrola podatkowa w zakresie dochodów nie znajdujących pokryci w ujawnionych źródłach przychodów;
* kontrola w zakresie działalności prowadzonej z wykorzystaniem Internetu (e-handel);
* kontrole podatników prowadzących działalność sezonową (np. punkty gastronomiczne w miesiącach letnich nad morzem);
* ujawnianie i zwalczanie szarej strefy. Na kontrole w tym zakresie narażone są zwłaszcza podatnicy prowadzący księgowość w formie uproszczonej (korzystający ze zryczałtowanych form opodatkowania) i małe podmioty gospodarcze (wykazujące stosunkowo niewielkie przychody);
* kontrole podmiotów unikających płacenia podatku dochodowego poprzez przerzucanie dochodów do podmiotów powiązanych. Działania kontrolne będą skierowane na kontrole:
* oddziałów zagranicznych osób prawnych zarejestrowanych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej,
* podatników, którzy wykazują dochód zwolniony uzyskany ze źródeł położonych poza granicami Polski,
* podatników rozliczających się na zasadach ogólnych, dokonujących przerzucania dochodów na podatników korzystających ze zryczałtowanych form opodatkowania,
* kontrole podmiotów zarówno wystawiających, jak i kupujących, tzw. fikcyjne faktury. Wyniki dotychczasowych kontroli wskazały bowiem, iż jest to proceder uprawiany na dużą skalę powodujący duże straty budżetu państwa głównie z tytułu zawyżania fikcyjnych kosztów uzyskania przychodów, jak również z tytułu nieuzasadnionego odliczania podatku naliczonego wynikającego z tych faktur.

Ponadto do priorytetowych zadań kontroli skarbowej w 2009 r. będą należały:

* kontrole podatku akcyzowego - szczególnie zaś dotyczące opodatkowania obrotu paliwami,
* oszustwa w zakresie VAT w obrocie wewnątrzwspólnotowym, w tym tzw. przestępstwa karuzelowe,
* kontrole gospodarowania środkami publicznymi i mieniem Skarbu Państwa.