W praktyce możesz spotkać się z sytuacją, iż rozliczna przez Ciebie firma wykaże nadwyżkę VAT naliczonego nad należnym do zwrotu i zwrot taki otrzymasz, jednak przeprowadzona po jakimś czasie kontrola podatkowa wykaże, iż zwrot ten nie był zasadny. W tym przypadku pojawia się pytanie, czy termin zwrotu (oddania) VAT fiskusowi ulega przedawnieniu? Zwróć uwagę, iż w myśl art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca tego roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W konsekwencji po upływie okresu przedawnienia przestaje istnieć stosunek zobowiązaniowy pomiędzy podatnikiem i wierzycielem podatkowym – czyli de facto Skarbem Państwa. Po upływie tego terminu fiskus nie ma już podstaw do egzekwowania od Ciebie zobowiązania podatkowego. Jednak przepis ten nie wskazuje, czy ujęty w nimi okres przedawnienia dotyczy również przedawnienia prawa do żądania od podatnika zwrotu nienależnie otrzymanego zwrotu VAT.

Musisz wiedzieć, iż zarówno sądy administracyjne jak i organy podatkowe prezentują w tym zakresie rozbieżne stanowiska. Otóż w kilku wyrokach NSA stwierdził, że nie jest możliwe zastosowanie przepisu art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej na zasadzie analogii do zwrotu nienależnie otrzymanej kwoty różnicy VAT naliczonego nad należnym. Zdaniem niektórych składów orzekających, z chwilą wydania decyzji określającej kwotę zwrotu nie powstaje powinność podatnika do zapłaty podatku. Brak jest, zatem obowiązku podatkowego, jako elementu konstytuującego zobowiązanie podatkowe. W zupełnie jednak innym kierunku kształtuje się orzecznictwo WSA.

Powstałe rozbieżności znalazły jednak rozstrzygnięcie w uchwale siedmiu sędziów NSA z 29 czerwca 2009 r. (sygn. akt I FPS 9/08). W wyroku tym NSA zaprezentował pogląd zgodnie, z którym art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie także do należności z tytułu nienależnego zwrotu VAT. Sąd wskazał, że odmienny pogląd po pierwsze stałby w sprzeczności z fundamentalnymi zasadami konstytucyjnymi, a w szczególności z zasadą demokratycznego państwa prawa, przyznając fiskusowi nieograniczone w czasie prawo do domagania się uiszczenia przez podatników kwoty nienależnie otrzymanego zwrotu. Po drugie zaś, pozwalałby organom podatkowym na dokonywanie w nieograniczonym czasie weryfikacji rozliczeń vatowskich za dany okres, w zakresie określenia innej kwoty zwrotu podatku. Jednocześnie organy te nie mogłyby dokonać weryfikacji wymiaru zobowiązania podatkowego w miejsce deklarowanego zwrotu podatku, ponieważ musiałoby ono zostać uznane za przedawnione z upływem 5-letniego terminu przewidzianego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.