Zamieszanie wokół funduszy unijnych trwa nie od dziś i już wiele razy krytykowany był sposób ich przyznawania. Jednak mało jest sytuacji, w których atmosfera wokół dotacji byłaby tak napięta.

Spór dotyczy konkursu w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, Działanie 1.4-4.1 „Wsparcie projektów celowych oraz wsparcie wdrożeń wyników prac B+R”, w ramach którego przedsiębiorcy najpierw prowadzą prace badawczo rozwojowe, a następnie wdrażają ich wyniki do przemysłu (inwestują w maszyny, budują fabryki) i toczy się pomiędzy Polską Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości (PARP), Ministerstwem Nauki i Szkolnictwa Wyższego (MNiSW) i przedsiębiorcami. Winą za konflikt obarczane jest MNiSW, które oprotestowało część projektów złożonych przez przedsiębiorców i wprowadziło „tajne kryterium” przy wyborze projektów do dofinansowania. Ministerstwo nie jest zadowolone z faktu iż projekty w znaczącym stopniu dotyczą działań inwestycyjnych, natomiast część badawcza stanowi niewielki procent. Według urzędników stosunek dotacji na badania w stosunku do dotacji na inwestycję nie powinien być większy niż 1:10 (czyli przykładowo 1 mln na badania, to maksymalnie 10 mln na inwestycje), a projekty, które nie spełniają tego kryterium powinny zostać odrzucone. W tym miejscu należy zauważyć, że nie ma żadnego przepisu regulującego proporcję pomiędzy tymi dwoma obszarami w ramach Działania 1.4-4.1, a prawo nie może działać wstecz. Dziwne jest również to, że MNiSW w dwóch poprzednich rundach aplikacyjnych nie zgłaszało uwag do projektów ocenionych przez PARP i akceptowało tego typu projekty.

Zdaniem Leszka Grabarczyka , dyrektora Departamentu Strategii i Rozwoju Nauki w MNiSW eksperci oceniający wnioski w PARP nie dochowali należytej staranności w ich ocenie. W związku z tym część projektów pozywanie zarekomendowanych przez PARP należy ocenić ponownie, czyli w praktyce znaleźć jakiegoś haka na już ocenione projekty.

Projekty mają być poddane ponownej ocenie pod względem dwóch kryteriów, które są w Regulaminie Konkursu. Eksperci PARP oceniający projekty mają zatem wrócić do projektów i zastanowić się czy oby na pewno słusznie pozytywnie ocenili owe projekty w tych dwóch kryteriach.

- W całym konflikcie najbardziej poszkodowaną grupą są przedsiębiorcy, którzy do dnia dzisiejszego nie otrzymali informacji o ocenie wniosku, chociaż proces ten powinien zakończyć się już miesiąc temu, – twierdzi Tomasz Chmielecki, partner w firmie EGC Consulting Group.

Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego woli trwonić pieniądze na badania bez efektów wdrożeniowych lub z ich małym udziałem, niż przeznaczyć pieniądze na projekty gdzie jest część badawcza i duża część inwestycyjna czyli budowa całego zakładu produkcyjnego wykorzystującego nowe technologie.

Decyzja Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego sprawia, że przedsiębiorcy tracą zaufanie do Instytucji Zarządzających Funduszami Unijnymi. Jak bowiem wytłumaczyć przedsiębiorcy, że zasady ubiegania się o dotacje zmieniają się w trakcie oceny. Firmy tracą ogromne pieniądze na przygotowanie inwestycji: usługi doradcze, dokumentacje techniczne, pozwolenia przygotowując projekt z dokumentacją programową, a jedna decyzja urzędnika, który jak zwykle za nic nie odpowiada niweczy cały trud.